El acoplamiento molecular o docking en inglés es un método bioinformático que permite predecir y calcular computacionalmente la posición más favorable, así como la afinidad de interacción entre un ligando y un blanco usualmente proteico a partir de sus representaciones tridimensionales.

Mientras más estable, específica y favorable sea la interacción en el sitio de unión entre un ligando (fármaco) y su blanco proteico (diana terapéutica), mayor será su actividad biológica (fármaco más efectivo).

Figura 3 Acoplamiento molecular entre ligando y blanco terapeutico.

Tanto el ligando como el blanco o receptor deberían tratarse como cuerpos flexibles para que las interacciones de unión se describan con mayor exactitud que de manera rígida. Debido a las limitaciones de los recursos computacionales, el docking se ha puede realizar de diferentes maneras: docking rígido – rígido, rígido – flexible, y flexible – flexible. El rígido – rígido es menos demandante en términos computacionales y el flexible – flexible es el más demandante.

En este curso se trabajará como parte práctica un docking ciego o blind docking que nos permite predecir el sitio y modo de unión entre el ligando y el blanco. En la siguiente galería de imágenes se puede apreciar diferentes sitios y modos de unión entre un ligando y un blanco, las cuales tienen diferentes energías de unión. 

La desventaja del docking ciego es que en algunos casos las posiciones de interacción pueden estar alejadas del sitio de unión en el que el ligando es más efectivo. Esto se soluciona especificando en el programa computacional el tamaño aproximado y la localización del sitio de unión del ligando.